O desenvolvedor deste software em particular era preguiçoso o suficiente para não se importar com outras plataformas além do Windows. Pode ou não funcionar de todo.
Primeiro de tudo, você precisa recriar os Makefiles, executando:
qmake -project
qmake
Em seguida, tente executar:
make
Você provavelmente perderá muitas bibliotecas e arquivos de cabeçalho na primeira tentativa. Vá em frente e pesquise no Google cada erro recebido e espere pelo melhor.
EDIT : A propósito, há vários jogos Sudoku disponíveis para o Ubuntu nos repositórios. Procure-os no Centro de Software ou no terminal:
apt-cache search sudoku
Em seguida, instale executando, por exemplo:
sudo apt-get install ksudoku