Ou é o que você descreveu acima ou se você tem um balanceador de carga e um segundo servidor em algum lugar você pode redirecionar o tráfego no LB para apontar para o servidor sobressalente (servindo uma estática "Ei, estamos fazendo manutenção! Volte mais tarde! "Página).
A vantagem de manipular a janela de manutenção em um balanceador de carga (ou trocar o segundo servidor por IP) é que você pode testar sua pilha Tomcat de ponta a ponta antes de apontar tráfego ao vivo novamente, o que evita surpresas desagradáveis um pouco de configuração do ambiente de desenvolvimento entrou em produção.