Esta parece ser uma pequena decisão orçamentária.
Eu tomaria o grande exemplo porque você tem mais reserva, memória sábia e também cpu. Também li sobre as pequenas instâncias do EC2 se tornando lentas. Um pouco de espaço não pode doer.
Também há núcleos adicionais para que o carregamento da CPU dos backups em execução tenha um impacto ainda menor no desempenho.
Além disso, você salva uma instância do servidor Win2008 2008, que é o custo e a sobrecarga de CPU e memória associada para executar o SO duas vezes. Tenho que admitir que não conheço o modelo de preços do Win2008 Server. (Custo por CPU, thread ou socket ou ...)
Se você passou pela saturação da VM grande, isso teria ocorrido muito antes com as pequenas VMs, já que elas não têm nem metade das especificações da grande VM.
Por último, mas não menos importante, se você realmente tiver que iniciar outra instância para backup, será necessário apenas iniciar uma instância.
Portanto, com o windows como sistema operacional, não vejo realmente o benefício de dividir a carga de trabalho em duas pequenas VMs isoladas.