Você pode começar com os links perfis de perspectivas personalizadas. Algumas leituras revelarão as teclas que estão sendo usadas, as chaves são armazenadas no usuário atual da HKEY (quando estão logadas) pelo que me lembro. Eles enterram muito bem. Você pode simplesmente criar o arquivo PRF e implementar as configurações usando isso.
Provavelmente você está pesquisando seu nome de servidor ou URL, mas não o encontrará, ele será codificado um pouco no registro. A maioria dos valores que você está tentando alterar também é codificada em hexadecimal, portanto, não é apenas um valor UseProxySetting = 1. É mais parecido com 1000003009 = 0x229, onde 1000003009 é o bitmask das caixas de seleção para todas as configurações que você está procurando em um só.
Usar o arquivo PRF é o mais fácil, já o fiz por meio de apenas chaves de registro antes, mas pode ser complicado escrever os valores do registro binário. Além disso, é uma questão de detectar quais dos seus perfis adicionar as configurações de proxy. A maioria de seus usuários terá 1 perfil que será o padrão, mas se eles tiverem uma segunda configuração de uma migração antiga ou algo do tipo, você terá que jogar alguns jogos com scripts para:
1. Find the default profile they are using (there's a key pointing to which one (if any) is default)
2. Update the proxy registry section for that profile they are using.
3a. Cross your fingers that they haven't added their home ISP's email to their outlook.
3b. Make sure your script checks that profile's registry keys to make sure they look like your company's setup (server url is the correct encoded string...) before you make the change...
Espero que isso indique você na direção certa.