Você pode baixar o Defraggler do link para desfragmentar seletivamente os arquivos e você pode usar o MyFragmenter de link para criar novos arquivos fragmentados.
Quanto à fragmentação de arquivos existentes, minha melhor sugestão é remover o arquivo, gerar toneladas de arquivos fragmentados com o MyFragmenter e depois copiar o arquivo de volta para a unidade. Devido ao espaço vazio estar todo fragmentado, você terá uma cópia fragmentada.