Conceder SELECT e INSERT em todas as tabelas deve permitir que você execute mysqlcheck
.
O link que você postou em mysqlcheck
lista os comandos que ele chama:
Se você clicar na documentação de cada um desses comandos, encontrará as permissões exigidas por cada um deles. A maioria exige SELECT e INSERT, alguns requerem apenas SELECT.
Então GRANT ALL não deve ser necessário.