Se você quiser um backup consistente, você deve aumentar o max_locks_per_transaction.
Fazê-lo em partes de um script tornará o backup inconsistente se você tiver acesso simultâneo, o que provavelmente não é o que você deseja.
Sua outra opção é usar o PITR e fazer um backup em nível de sistema de arquivos. Isso não removerá nenhum bloqueio no banco de dados.