verifique quantos certificados você tem no armazenamento pessoal da Máquina.
Iniciar > Executar > MMC.exe > menu de arquivos > Adicionar / remover snap-in > adicionar > selecione certificados > Selecione "Conta de computador" > Concluir
Do painel esquerdo > Pessoal > Certificados
veja se você pode remover certs de lá.
OR
Basta fazer um backup e excluir o que você acha que tem idade suficiente para descartar. Reinicie o servidor. e fique de olho em qualquer coisa que se quebre.
OR
Se você quiser ter muita certeza disso, exclua os arquivos corretos. Monitore se algum processo / serviço estiver usando algum desses arquivos. Gostaria apenas de iniciar o monitor de processo ou o monitor de arquivos do sysinternals e, em seguida, configurá-lo para filtrar o acesso a essa pasta e mantê-la em execução por alguns dias. Isso deve dar uma boa ideia de quais arquivos entre milhares estão sendo usados.