Instalar um certificado / chave em uma máquina linux é tão simples quanto copiar o arquivo para o servidor. A maioria das distribuições tem um local padrão para armazenar os certificados e / ou chaves. O problema mais difícil é configurar seu aplicativo para procurar no diretório correto.
Qual aplicativo precisará usar este certificado? Você está instalando um certificado raiz para validar o certificado do servidor? Ou você está instalando um certificado e uma chave para poder fornecer informações por SSL?