Esta não é uma configuração ideal. O SQL usa um monte de truques embaixo das capas para ser capaz de executar o melhor possível e alguns deles não funcionam (ou têm consequências negativas) se você estiver executando mais de uma instância do SQL você pode querer considerar consolidá-los para uma única instância.
Ter um único processo capaz de gerenciar o cache, o acesso ao disco e a segmentação provavelmente dará um impulso. Quase certamente não vai doer.