Isso está acontecendo porque você (ou o GNOME) desativou ícones na área de trabalho. A maneira mais rápida de reativá-los é usando o GNOME Tweak Tool.
Você pode instalá-lo executando:
sudo apt-get instala o gnome-tweak-tool
Depois disso, execute a ferramenta tweak e, na guia "Desktop", ative "Icons on Desktop":