Qual tipo de MIME você está enviando junto com o arquivo .zip? Eu tive erros semelhantes com páginas de download dinâmicas (como download.php enviando um arquivo) e compactação. Ao usar algo como application-zip e Content-Encoding: gzip, o IE não descompactaria o arquivo. Eu corrigi isso usando um tipo MIME de application / octet-stream, se bem me lembro.
Dito isto, você provavelmente deve excluir o .zip da compressão gzip de qualquer maneira, já que é provavelmente inútil se não prejudicar o desempenho.