Existem inúmeras correções de DNS assíncronas no HAProxy após o 1.6.1, mas antes do lançamento da versão 1.6.5, que é a versão atual até o momento desta publicação.
Eu não consegui identificar uma única correção no changelog que obviamente explica exatamente a condição que você encontrou, mas se bem me lembro, a resolução de nomes na inicialização é feita de forma síncrona, enquanto no tempo de execução é assíncrona, seguindo dois caminhos de código diferentes - portanto, um problema com o código assíncrono muito mais recente não afetaria a resolução na inicialização.
O HAProxy 1.6 ainda estava no processo de se tornar genuinamente estável até o 1.6.5. Um monte de novos recursos entrou na série 1.6 e, a partir da leitura da lista de discussão, houve vários problemas encontrados no campo que nunca surgiram durante o desenvolvimento e o teste. Agora que o 1.6 é lançado, nenhum novo recurso está sendo adicionado - os únicos lançamentos devem ser correções de bugs e correções de segurança - então é aconselhável atualizar para a versão mais recente dentro da série.