Depois de desativar o serviço de atualização por uma noite, o alarme desaparece. Isso praticamente identifica a causa desse alerta. Agora que você sabe disso, pode perguntar se isso é um problema. Eu acho que não, mas posso estar errado.
Eu acho que o Windows tem arquivos de log que podem mostrar a hora exata que isso acontece. Você pode ficar acordado uma noite e tentar ver se o site ainda funciona. Se o Windows manuseia isso corretamente, ele dá prioridade ao site durante a atualização, e o site deve funcionar, embora provavelmente mais lento.
O fato de que o uso da CPU é 100% não é uma preocupação. Monitore seu próprio laptop, faça uma atualização ou alguma edição de fotos e você verá o mesmo efeito. Se isso acontecer por horas, é uma preocupação e algo para se olhar. Se o uso do disco rígido estivesse em 100%, isso seria uma preocupação para uma ação imediata.
Provavelmente, você pode desativar o alerta para essas horas ou defini-lo para ser desativado somente após um uso mais longo. Nós usamos o Nagios, e ele verifica várias coisas, como o tempo de resposta do servidor web. Se ele encontrar uma reação lenta, ele verifica depois de cinco minutos novamente, depois, mais uma vez mais tarde, e então dá um alerta. Então você pode configurar o Cloudwatch para alertas menos freqüentes durante as 3 ou 5AM.