Toda vez que faço ou faço isso (em minhas máquinas pessoais ou em várias outras pessoas), acabei de copiar .gnupg/
e restaurá-lo depois. Ele foi bem a cada vez, então eu recomendaria fazê-lo.
(Lembre-se também de fazer o backup de gnupg.conf
se você estiver usando algumas opções não padrão, que você deve .)