A base de nomes é mais fácil porque você não precisa ajustar a configuração de sua rede para todos os sites que hospeda. O endereço com base é bom porque cada website que você hospeda é mais facilmente identificável em, por exemplo, políticas de firewall, gerenciamento e monitoramento de tráfego, prevenção de DDOS, etc.
A melhor escolha depende mais de suas preferências pessoais, ferramentas de gerenciamento disponíveis e outras circunstâncias do que qualquer outra coisa.