Não há muito mais de uma opção além de aplicá-las individualmente e medir a carga ou o tempo. Você poderia usar um farm de VMs para testá-las, mas há muitas variáveis para começar a controlar.
Desde o Vista, o motivo pelo qual muitas atualizações levam muito tempo é que elas são empacotadas como "diffs". Essas atualizações são, na verdade, apenas uma lista de modificações com as quais os originais devem ser combinados para produzir o arquivo corrigido. Quanto maior ou mais complicado o arquivo de atualização ou original, mais tempo levará. Isso pode ser intensivo em CPU, RAM e E / S de disco.
Se aplicar atualizações durante o dia estiver se tornando um problema, talvez você queira investigar outra estratégia.