Eu fiz alguns testes usando o código de teste TCP de abertura rápida no link
Minha contagem TCPFastOpenPassive aumenta quando o código de teste é usado.
$ grep '^TcpExt:' /proc/net/netstat | cut -d ' ' -f 87-92 | column -t
TCPOFOMerge TCPChallengeACK TCPSYNChallenge TCPFastOpenActive TCPFastOpenActiveFail TCPFastOpenPassive
1000 56217 1316 0 0 2041
Então, acho que seu método de análise está correto.
E executando o wireshark, você pode ver claramente o Fast Open Cookie nas opções TCP.
Eu testei com o mesmo par de máquinas usando o Chromium e o Nginx.
Versão do Chromium:
Version 55.0.2883.75 built on Debian stretch/sid, running on Debian stretch/sid (64-bit)
Nenhum cookie aberto rápido nos rastreios wireshark. Mesmo com a opção de abertura rápida ativada no Chromium. Então, suspeito que o problema esteja no Chromium.