Isso é estranho. Eu tenho o mesmo problema e encontrei esta pergunta para não ter resposta. Fiz então mais pesquisas e encontrei uma postagem yaleman.org diz que encontrou a resposta e ligou a esta mesma questão . No entanto, não houve resposta aqui. Corrigindo retroativamente isso, adereços completos para yaleman.
longo e curto: Você precisa converter o pfx de Base64 para o formato binário do openssl.
$ openssl enc -base64 -d -in certfile.pfx -out converted.pfx
Depois, você pode convertê-lo em um PEM e obter a chave ou o certificado separadamente.
$ openssl pkcs12 -in converted.pfx -out bundle.pem -clcerts -nodes