Você pode implantar script em lote sobre o GPO em servidores DHCP que alterarão as configurações de DNS no escopo do DHCP usando o utilitário netsh.
Um comando para definir servidores DNS no escopo com o netsh é:
netsh dhcp server DHCP_server_IP_or_Hostname scope Scope_Network set optionvalue 006 IPADDRESS DNS1_IP DNS2_IP
Se 10.10.10.1 for o DNS primário, e 10.10.10.2 for secundário, e 10.10.10.0 for o escopo DHCP, você basicamente precisará executar o seguinte comando em todos os servidores DHCP:
netsh dhcp server localhost scope 10.10.10.0 set optionvalue 006 IPADDRESS 10.10.10.10 10.10.10.2