Normalmente, quando eu preciso fazer isso, eu crio diretórios separados do debian / * para cada sistema que eu estou suportando. Você pode armazená-los de várias maneiras diferentes: talvez um repositório de código-fonte dedicado chamado "packaging" que contenha os diretórios de cada sistema. Você pode usar um sistema de compilação ou de CI (como Jenkins, Travis CI ou similar) para fazer o download do código-fonte do aplicativo, baixar o código de empacotamento do sistema para o qual está construindo o pacote e iniciar o processo de compilação.
Uma ferramenta que você pode querer dar uma olhada para ajudar a tornar isso mais fácil é o pbuilder que facilita a construção de um pacote para muitas versões diferentes do Debian ou Ubuntu, fazendo uso de chroots .
Eu também escrevi uma visita a como usar o pbuilder que você pode achar útil.