To work around this problem, set the Enable32bitAppOnWin64 to False in IIS.
Isso é direto da Microsoft. Este é o artigo da Microsoft na Web que faz referência a essa limitação. No entanto, eles fornecem um link para esta site detalhando como desativar o suporte a 32 bits.
Minha recomendação é desabilitar o suporte para 32 bits, criar um novo pool de aplicativos apenas para esse diretório virtual que usa 4.0, reativar o suporte a 32 bits, reiniciar o IIS.
This O blog do MSDN afirma que este é um " consertar ", mas não confirmei isso com minha configuração de laboratório.