Os cgroups disponíveis no CentOS 6 têm um subsistema cpuset que permite escolher qual processo é executado em qual conjunto de CPUs. Com o subsytem cpuset, você pode criar um cpuset com apenas uma CPU, colocar todos os processos atualmente em execução nesse cpuset, isto é "restringir todo o sistema rodando em certos núcleos" como você afirmou na sua pergunta. Em seguida, você pode criar outro cpuset com as CPUs restantes, iniciar o processo encadeado e colocar o processo no recém-criado cpuset.
Cgroups e cpuset são gerenciados inteiramente com os comandos mount, mkdir e echo.
Existe também o utilitário cset que fornece funções de nível mais alto para o cpuset (com mkdir / echo, você precisa mover cada processo com um loop for em um cpuset).