Você pode, se quiser, mas, na verdade, o sccm só gerencia um serviço de WSD, então você faria o dobro do trabalho. Provavelmente você pode fazer as mesmas coisas que você está fazendo e talvez mais usando o sccm.
Atualizar
Para elaborar, você pode executar dois servidores WSUS, se desejar, e instalar a função de ponto de atualização de software sccm em um deles. No que diz respeito às atualizações, você pode usar a diretiva de grupo para direcionar seus computadores para o servidor não sccm do WSUS para atualizações. Quando o cliente sccm é instalado nas máquinas e o modo de atualização de software está ativado, você pode usar o sccm para implantar as atualizações que quiser de cada vez, seja apenas o vírus defs ou não.
No entanto , isso não pode resolver seu problema, porque como eu disse, o SCCM usa o WSUS ou atualiza a implantação, portanto algumas atualizações também não instalar sem uma reinicialização primeiro. O SCCM instalará qualquer atualização que puder sem reinicialização, e os defs de vírus IME se encaixarão nessa categoria. E, apenas para reiterar, você estará gerenciando dois servidores de atualização agora, embora a versão mais nova do sccm tenha uma implantação de atualização automática, portanto, tecnicamente isso deve facilitar as coisas para você.