Eu encontrei o problema e consertei.
Parece que o arquivo que contém os usuários e a senha criptografada é /etc/svn-auth-users
em vez do arquivo passwd no diretório repo/conf
.
Usei htpasswd -m /etc/svn-auth-users user1
, defini uma senha e consegui fazer login no servidor SVN usando http://svn_server/repo
com as credenciais recém-criadas.
Eu ainda não entendo porque o arquivo /home/svn/repo/conf/passwd
está sendo ignorado e /etc/svn-auth-users
é usado, mas como tudo funciona agora e meus usuários podem fazer login no servidor SVN - não tenho reclamações.