Eu encontrei o problema e consertei.
Parece que o arquivo que contém os usuários e a senha criptografada é /etc/svn-auth-users em vez do arquivo passwd no diretório repo/conf .
Usei htpasswd -m /etc/svn-auth-users user1 , defini uma senha e consegui fazer login no servidor SVN usando http://svn_server/repo com as credenciais recém-criadas.
Eu ainda não entendo porque o arquivo /home/svn/repo/conf/passwd está sendo ignorado e /etc/svn-auth-users é usado, mas como tudo funciona agora e meus usuários podem fazer login no servidor SVN - não tenho reclamações.