Não é necessário , tudo funcionará e provavelmente ainda será muito mais rápido do que girar unidades baseadas em metal, mas um melhor alinhamento melhorará ainda mais o desempenho, principalmente para operações de gravação.
As instalações mais recentes são configuradas automaticamente (certamente o Debian / Stable atual, sem dúvida, variantes mais recentes do CentOS também) porque as versões recentes do fdisk, lvm, mdadm e ferramentas relacionadas foram atualizadas para dar conta das melhores práticas nessas novas tecnologias de drive, mas para versões mais antigas você precisa configurar suas partições de forma mais manual para obter o melhor dos seus SSDs.
Deve ser possível realinhar no local, mas seria muito mais seguro o IMO fazer backup dos dados na máquina e reconstruí-los - em qualquer um dos casos, o tempo de inatividade envolvido pode fazer com que isso não valha a pena para você.