Eu não sei de nenhuma opção para configurar logs de consultas lentas separadas por usuário, mas muitos dos analisadores de consultas de log podem ser configurados para apenas imprimir para um usuário ou excluir um usuário.
O link , por exemplo, oferece as seguintes formas.-T=min_query_time
-R=min_rows_examined-ih, --include-host
-eh, --exclude-host
-iu, --include-user
-eu, --exclude-user
-iq, --include-query