Por que o ATLAS não é detectado no RHEL quando tento uma instalação do SciPy por meio do pip?

Question

Estou usando o RHEL6, o Python 2.6.6 e tentando instalar o SciPy através do pip.

[user@server ~]$ sudo pip install scipy
<snip>
atlas_blas_threads_info:
Setting PTATLAS=ATLAS
  libraries ptf77blas,ptcblas,atlas not found in ['/usr/local/lib64', '/usr/local/lib', '/usr/lib64/atlas']
  NOT AVAILABLE
<snip>

No entanto, quando listo os arquivos em / usr / lib64 / atlas:

[user@server ~]$ ls /usr/lib64/atlas
libcblas.so.3    libclapack.so.3.0  liblapack.so.3     libptcblas.so.3.0
libatlas.so.3    libcblas.so.3.0    libf77blas.so.3    liblapack.so.3.0  libptf77blas.so.3
libatlas.so.3.0  libclapack.so.3    libf77blas.so.3.0  libptcblas.so.3   libptf77blas.so.3.0

Alguma ideia?

    

Answer 1

Numpy e Scipy são animais estranhos. O grande incômodo é a incompatibilidade do Fortran ABI , entre outras coisas. Na página de instalação :

If your blas/lapack/atlas is built with g77, you must use g77 when building numpy and scipy;

If your atlas is built with gfortran, you must build numpy/scipy with gfortran.

Execute ldd na versão do Atlas que você possui.

Se libg2c.so for uma dependência, o g77 foi usado e você precisará passar essas opções ao criar:

python setup.py build --fcompiler=gnu

Alternativamente, se libgfortran.so for uma dependência, ele foi construído com gfortran e você precisará configurar o compilador fortran apropriado:

python setup.py build --fcompiler=gnu95

Como observação, se os processadores em que sua máquina está rodando incluem suporte a SIMD, sugiro que você instale as versões otimizadas do atlas (por exemplo, atlas3-sse).