Provavelmente, é seguro executar o rsyn em paralelo, mas não é eficiente, já que o mais provável é que os arquivos sejam transferidos duas vezes, já que o rsync compõe a lista de arquivos a serem transferidos no começo. É claro que há sempre a pequena chance de que o mesmo arquivo seja transferido simultaneamente por ambos os rsyncs, mas o conteúdo deve ser o mesmo depois.
Para evitar execuções duplas, geralmente escrevo um script que verifica e, de outra forma, touch
es um arquivo de bloqueio que é removido no final. Como uma opção, você pode usar uma armadilha em seu script para limpar o arquivo de travamento se você interromper o script ou quando ocorrer um erro (use 'help trap' dentro do seu shell). Tanto quanto eu sei, não há tal mecanismo de bloqueio no próprio rsync (o que seria difícil de implementar anwyay).