Este é provavelmente um problema de permissões ocultas, pois o AD pode ocultar contas em locais ímpares e as permissões podem ser removidas se você não tomar cuidado.
A primeira etapa da solução de problemas que eu faço é verificar se há alguma correlação na localização das contas que estão sendo perdidas. Isso pode apontar para um local onde os direitos são sutilmente diferentes.
Se eles não se correlacionam a locais específicos, a próxima etapa é examinar as permissões nos objetos individuais para determinar se há diferenças que podem atrapalhar.