Tente remover todos os links simbólicos nos diretórios rc*.d .
Em seguida, tente executar:
update-rc.d -n myscript enable
Onde -n significa not-really
Isso listará o que o insserv deve fazer: criar o symlink e gerando alguns .depend.* files
Dê uma olhada no init.d/.depend.boot , init.d/.depend.start e init.d/.depend.stop : talvez você precise atualizar esses arquivos também? Se você decidir alterá-las manualmente (mas o que há de errado com update-rc.d ?), Tome cuidado adicional para que outras chamadas para update-rc.d não atrapalhem suas edições ...
Veja man startpar e man insserv para obter algum conhecimento sobre o uso de como esses arquivos .depend.* .
E meu último conselho é: use update-rc.d :)