Existe uma inconsistência entre os arquivos de dados e o ib_logfile [0 | 1] -s. Para mim isso pode acontecer se eu não correr --apply-log ao usar o innobackupex.
Tente encerrar o servidor, mover os ib_logfiles para um diretório diferente e reiniciar o processo. Novos arquivos de log serão criados. (Se falhar novamente, você pode voltar os arquivos originais)