Tente desligar a VM da CLI do xenServer com qualquer um dos comandos a seguir para garantir que não seja um erro da GUI:
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xe vm-shutdown name-label=nameOfYourVM
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xe vm-reboot name-label=nameOfYourVM
Você pode obter o rótulo que está executando xe vm-list is-control-domain=false | grep label| awk '{print $4}'
Tente também usar o openXenManager
Você instalou as ferramentas XenServer nessa VM? da documentação do XenServer:
Sem as ferramentas instaladas, você não poderá fazer o seguinte: Desligue, reinicie ou suspenda de forma limpa uma VM.