Esta é uma pergunta difícil. Muitos de nós mantêm a instância mais antiga em execução por algum motivo ou outro.
O caminho seguro é, quando feito com as coisas mais antigas, para:
1) Pare e desative os serviços da versão mais antiga 2) Verifique o caminho de busca para o sistema operacional, certifique-se que ele apenas faz referência ao novo SQL Server
Dito isto, espero que seja seguro desinstalar as versões antigas do SQL.