Eu recomendo uma abordagem diferente, que irá abordar o problema start-on-boot, bem como facilitar o gerenciamento do Nginx no Ubuntu no futuro.
Prepare-se com o Nginx Ubuntu PPA oficial.
Eu presumo que você esteja personalizando algumas opções em tempo de compilação, pois os binários pré-construídos não funcionarão para você. Então, use alguns comandos para baixar a fonte do pacote. Em seguida, modifique as opções de compilação nesse pacote, conforme necessário, e crie seu próprio pacote personalizado e instale-o.
O resultado será um pacote muito parecido com o pacote oficial, que você pode gerenciar como seus outros pacotes. Você também pode salvar seu "patch" que você criou no pacote padrão, para facilitar a repetição do processo no futuro.
Um tutorial para reconstruir os pacotes Debian / Ubuntu é aqui .