Estou assumindo que os arquivos estão armazenados em um sistema de arquivos NTFS ou FAT no host do Windows. O NTFS e o FAT não têm nenhum conceito de executabilidade * nix e, portanto, não é possível armazenar essas informações quando você tenta chmod
a um arquivo. É também por isso que todos os ficheiros são executáveis - para poder executar quaisquer ficheiros, todos eles têm de se tornar executáveis.