Infelizmente, o Hyper-V não é tão bom para virtualizar o Linux. Use o VMWare Converter para converter o servidor para uma imagem ESXi, instale ESXi no servidor e, em seguida, execute a máquina Windows como uma VM. Você pode executar as VMs do Ubuntu como imagens ESXi com um desempenho muito melhor do que o que você pode obter no Hyper-V.