Não. As ferramentas do GnuWin32 são (como o nome indica) aplicativos Win32, ou seja, eles usam o subsistema Win32, não o subsistema POSIX.
Naturalmente, não importa o conselho que você possa receber de estranhos na internet, você deve testar todos os seus aplicativos / serviços críticos em um sistema de teste antes de fazer essa alteração em qualquer sistema de produção. : -)