Isso depende inteiramente de como você deseja fazer backups. Bem, isso é uma mentira parcial; isso depende também da sua tolerância ao tempo de inatividade.
Um, trate as máquinas como máquinas reais. Isto é, coloque-os em seu ciclo de backup em seu servidor de backup. Se houver uma falha, você recriará a máquina virtual como um slate em branco (ou criará um modelo a partir de uma máquina) e, em seguida, restaurará de "bare metal" como faria com qualquer outro servidor.
Segundo, você pode desligar a máquina e, a partir do console do vSphere (ou de um utilitário de cópia dedicado como o utilitário de cópia do Veam (Veem?), copiar o subdiretório do armazenamento de dados para outro local.
Terceiro, você poderia gastar o dinheiro para obter uma matriz de armazenamento que pode capturar instantaneamente o sistema de arquivos e copiá-lo em outro lugar sem o sistema operacional saber disso ou espelhar o sistema de armazenamento em outro servidor pela Ethernet.
Quarto ... Acredito que há produtos disponíveis, talvez da VMWare ou de outros fornecedores, feitos para copiar as máquinas virtuais. Mas eu não tenho certeza disso, já que não uso produtos como este.
Se você está fazendo isso no mínimo barato, eu iria com desligar os servidores e copiar os diretórios periodicamente. Isso pode literalmente levar horas; no nosso caso, pode levar a melhor parte de um fim de semana. Mas nos contentamos com os recursos que temos disponíveis.
Também fazemos backups com agentes para o servidor de backup; se necessário, poderíamos recriar um servidor e restaurar a partir do backup para a maioria das nossas máquinas virtuais. Provavelmente, "melhor prática", sem aplicações especiais, seria fazê-lo desta maneira.
Lembre-se também que você acabaria com "clones" fazendo isso, até o endereço MAC. Provavelmente não é bom ter os dois rodando ao mesmo tempo ou você vai confundir seus switches e outras máquinas que de repente vêem dois "FileServerABC" na rede de repente brigando sobre quem possui qual IP estático e nome do Windows .
E, embora ter DCs virtualizados funcionem bem, não os tire instantaneamente e retroceda um tempo significativo ou você pode causar estragos na configuração do Active Directory ...