Suponho que os URLs que você está solicitando estão sendo manipulados com try_files dentro de location ^~ /foo/ e, devido à ausência desses arquivos, eles são redirecionados internamente para outro manipulador location que não tem gzip off herdado.
Tente usar "local nomeado" em /foo location e defina esse local "nomeado" @fooNoGzip com gzip off inside e fascgi_pass stuff.