Eu não estou seguindo o que suas regras atuais estão seguindo, mas acredito que você quer algo assim:
RewriteBase /
# Send a request for / (or /#something) to /index.php:
RewriteRule ^$ index.php [L]
# Redirect a request for /something to /#something, assuming it's not a file or directory
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ #$1 [NE,R=301,L]