Chris,
Parece que você está tentando migrar (tanto de AT quanto de camada de dados) para um novo hardware? Em caso afirmativo, aqui está o tópico no MSDN :
Você já está na metade das etapas. Em vez de executar o assistente somente AT, instale o TFS usando os assistentes padrão ou avançado.
Depois disso, existem algumas ferramentas de linha de comando que você precisa executar para preparar uma nova implantação do SQL Server, obter os dados restaurados da instalação anterior para ver a nova instalação, conectar o SharePoint etc.
Você pode usar o assistente AT Only para restaurar um AT com falha ou criar um farm TFS, mas qualquer um desses requisitos exige acesso aos dados do SQL Server deployemnt original. Se isso ainda estiver disponível (e você não se importa em deixar os dados colocados), aponte o assistente AT Only para o SQL Server no qual você originalmente hospedou os dados e ele "restaurará" seu AT.
Boa sorte!