Você pode definir restrições de IP em applicationHost.config em uma tag de local para seu site. Se você fizer isso, não causará uma reciclagem de appdomain. A regravação de URL no nível global é outra opção.
Semana 12 e semana 18 da minha série de vídeos abordam AppDomains e edição apphost.config.
Para fazer o script, use appcmd. A melhor maneira de fazer isso é começar com o Editor de Configuração no IIS, fazer a alteração desejada e, em seguida, "Gerar Script" no painel de ações à direita. O comando appcmd estará lá.
Quanto à segunda questão, você precisará entender a inicialização de seu aplicativo em seu projeto e ativar esse evento. Uma chamada assíncrona permitirá iniciar o script de inicialização enquanto permite que a página continue, caso contrário, você terá um problema de bloqueio.