Sim, você pode configurar o iptables para bloquear uma certa frequência de solicitações de conexão de um cliente:
iptables -I INPUT -p tcp --dportar 80 -i eth0 -m state --state NOVO -m recente --set
iptables -I INPUT -p tcp --dportar 80 -i eth0 -m state --state NOVO -m recente --update --segundos 60 --hitcount 10 -j DROP
Basicamente, limita os usuários a se conectarem apenas 10 vezes por minuto.