o tomcat é mais antigo e muito estável com solr em combinação.
O jetty é mais novo e é um pouco mais complicado de administrar. O jetty pode ser configurado para ser executado de várias maneiras (incorporado, diy importando a classe etc) como oposto ao tomcat, que tem todos os predefinidos (logs, scripts, bibliotecas, etc).
tudo depende do seu nível de confiança no final. Eu tenho tomcat e solr, mas correndo também jetty com outros aplicativos.