Um CNAME em www.yourdomain.com
apontando para o S3 não deve interferir nos registros MX configurados em yourdomain.com
. No entanto, um CNAME configurado em yourdomain.com
definitivamente impediria que as entradas MX funcionassem corretamente.
Para manter os dois e-mails e os CNAMEs do S3, provavelmente você está apenas com o www, e não com o root, do CNAME.
As entradas MX devem estar funcionando se você não tiver um CNAME na raiz - lembre-se de dar tempo suficiente para as entradas saírem do cache dos resolvedores de DNS.