Eu sei que você disse SSH ou rsync sobre SSH. Se você tem alguma escolha quando se trata de protocolo (por exemplo, portas abertas), bacula pode ser uma opção para você. Ele definitivamente oferece a flexibilidade que você precisa e possui um cliente Windows (que pode até mesmo fazer backup dos bancos de dados do Exchange).
O Bacula normalmente roda nas portas 9101, 9102 e 9103, mas pode ser configurado para rodar em qualquer porta que você precise (embora eu nunca tenha tentado isso).