Não há suporte para o mssql diretamente no Ubuntu. Existem algumas opções.
Eu acredito que você pode obter algumas funcionalidades usando o módulo sybase.
php5-sybase
Package: php5-sybase
Priority: optional
Source: php5
Description: Sybase / MS SQL Server module for php5
This package provides a module for Sybase and Microsoft SQL Server
database connections directly from PHP scripts. It also includes the
pdo_dblib module for use with the PHP Data Object extension.
Outra opção seria acessar o servidor via odbc. Instale o php5-odbc e o tdsodbc.
A extensão mssql que faz parte do PHP só funcionará quando o PHP é construído no Windows. link
Existe outro driver / extensão da Microsoft que suporta PHP, mas parece ser funcional apenas no Windows. link