Backup em nível de bloco é sua única esperança real.
Coloque seus sistemas de arquivos sobre o LVM ou uma matriz de hardware e, em seguida, crie um instantâneo sob o sistema de arquivos para fazer o backup. Ou use dump / dd no dispositivo de bloco ao vivo e espere que você consiga algo consistente.
FWIW, o armazenamento corporativo típico (ou seja, o NetApp) normalmente não faz backup dos instantâneos do sistema de arquivos - se você estiver executando backups diários, já terá várias versões do arquivo.
Que tipo de caso de uso você está vendo?