a única maneira de conseguir isso é com muito espaço livre em disco ou duas unidades separadas. com espaço livre em disco, você poderia fazer uma nova partição grande o suficiente para armazenar o que é usado atualmente com algum software de particionamento, usar rsync para copiar todos os seus dados para a nova partição e então formatar / limpar / criptografar a partição antiga e copie tudo de volta.
Se a política permitir que você faça o backup de todos os seus dados em outro disco rígido, você poderá limpar / formatar / criptografar seu disco e basicamente copiar tudo de volta.
esse é um jeito sujo de fazer isso. a / better / maneira de fazer isso seria fazer backup do seu diretório inicial, o conteúdo de /etc/ e qualquer outro local em que você possa ter configurações customizadas e assim por diante, despejar uma lista de pacotes instalados em seu sistema dpkg -l > packages.txt e instalar os pacotes em seu sistema recém-criptografado, copie o seu diretório home e mova os arquivos de configuração para onde eles precisam ir.
não é muito demorado restaurar um sistema Linux para um estado anterior, desde que você se prepare.
copiar tudo a partir de um sistema antigo, arquivos de sistema, pacotes instalados, etc não é recomendado, pois pode haver rupturas em algum lugar, em links simbólicos, hardlinks e /dev , /sys/ e /proc/ filesystems , para não mencionar todos os logs e problemas auxiliares que podem ocorrer lá, de um sistema em execução.